グループ所有者は、複数のグループを作成し管理できますか?

はい。できます。
1アカウントで複数のグループを作成し、管理が可能です。設定したポリシーは、アカウント管理グループ内に一律にかかりますので、必要に応じて作成・運用ください。
「アカウント管理グループID」は、アカウント管理グループごとに異なる値を設定する必要があります。